Sau ngài ngự thuyền ra cù-lao Phú-quốc. Tháng tám năm ấy, Chu-văn-Tiếp cử binh kéo cờ hiệu bốn chữ: « Lương-sơn tá quốc » lại về thu phục được thành Sài-gòn lần thứ hai. Ngài ngự giá từ Phú-quốc trở về, sai sứ sang Xiêm la thông hiếu.
Năm Quí-mão, Tây-sơn Nguyễn-văn-Huệ đem quân vào đánh phá cửa Cần-thơ, ngài phải ngự đến Tam-phụ, bày tôi theo hầu ngài chỉ còn có Nguyễn-kim-Phẩm và năm sáu người mà thôi, ngài đi đến sông Lật-giang, quân giặc đuổi theo kíp lắm, mà nước sông chảy xiết quá, không có đò sang, ngài vốn tài lội, bèn bơi vượt sang được bờ bên kia sông. Khi chạy đến Đăng-giang, khúc sông ấy nhiều cá sấu lắm, không thể bơi sang được, may có con trâu nằm ở bờ sông, ngài mới cưỡi trâu sang sông, đến giữa dòng nước chiều dâng lên to, chìm cả trâu, may có con cá sấu đưa giạt vào bờ, ngài ngự đến Mỹ-tho, rồi rước cả quốc-mẫu và cùng gia-quyến ra chú ở cù-lao Phú-quốc. Quân Tây-sơn chợt kéo đến, ngài phải chạy ra cù-lao Côn-lôn (Poulo-condor).
Nguyễn-văn-Huệ đem quân thủy bổ ra vòng vây Côn-lôn, thế rất nguy cấp, bỗng đâu giời nổi cơn mưa bão, mây kéo mù mịt, thuyền ghe giáp nhau mà cũng không trông rõ mặt người, sóng bể ầm ầm, thuyền giặc chìm đắm không biết bao nhiêu mà kể. Ngài ngự một chiếc thuyền vượt ra ngoài trùng-vi, bạt phong đến cù-lao Cổ-cốt. Ít bữa lại về Phú-quốc, lương thực hết cả, quân lính đến nỗi phải đào rễ cỏ, củ-mài mà ăn. Lúc bấy giờ có một nàng lái buôn là thị Uyển người Hà-tiên chở một thuyền gạo lại hiến.
Khi ấy ngài nghe ông Bá đa-lộc (Evêque d'Adran) ở Chân-bôn, bèn sai người mời đến bàn tính, rồi giao ông hoàng-tử Cảnh mới lên bốn tuổi cho ông Bá-đa-Lộc đưa sang Pháp-quốc để cầu viện.
Hoàng-tử Cảnh đi rồi, ngài đem ra 20 lạng vàng, chia đôi đưa cho bà Nguyên-phi (Tống-thị sinh ra ông hoàng-tử Cảnh) một nửa mà bảo rằng: « Con ta đã đi rồi, ta cũng phải ra đi, Phi phụng dưỡng quốc-mẫu ở đây, chưa biết sau này ngày nào lại gặp được nhau mà ở tại chỗ nào, thì cứ lấy vàng này làm tin. »
Nói rồi, ngài ngự thuyền vào cửa bể Ma-li, để dò thám quân giặc; chợt gặp hơn hai mươi chiếc thuyền giặc đến vây; thuyền ngài vội vàng giương buồm cứ trông theo phương đông mà chạy, phiêu lưu ngoài bể bảy ngày đêm, trong thuyền hết cả nước uống, quân sĩ đều khát. Ngài mới mật khẩn rằng: « Nếu ta có phận làm vua, thì giạt thuyền vào bờ, để cứu lấy mạng người
