Ở Huế tuy Triều-đình còn cứ mong chuộc lại đất ba tỉnh, nhưng vẫn biết ý súy-phủ ở Sài-gòn rồi tất lấy cả ba tỉnh phía tây, cho nên năm bính-dần (1866), lại sai ông Phan thanh Giản vào làm kinh-lược-sứ để tìm kế chống giữ.
Ở bên Pháp, thì từ năm đinh-mùi (1867), hải-quân trung-tướng Rigault de Genouilly lên làm thượng-thư Hải-quân-bộ[1] ra sức giúp thiếu-tướng De la Grandière cho xong việc. Bởi vậy súy-phủ ở Sài-gòn chỉ đợi dịp để khởi sự.
Tháng 6 năm đinh-mão (1867) là năm Tự-đức thứ 20, thiếu-tướng De la Grandière hội hơn 1.000 quân ở Mỹ-tho, rồi định ngày kéo sang lấy Vĩnh-long, An-giang và Hà-tiên. Ông Phan thanh Giản biết thế không chống nổi, bảo các quan đành chịu nộp thành-trì cho khỏi sự tai-hại, rồi ông uống thuốc độc mà tự-tận, dặn lại con-cái phải cày ruộng mà ăn, chứ không được nhận quan-chức gì ở Nam-kỳ.
Bấy giờ ông đã già, đã ngoài 74 tuổi, làm quan thật là thanh-liêm, nhưng chẳng may gặp phải khi nước có biến, biết thế mình không làm gì được, đem tấm lòng son-sắt mà báo đền ơn nước cho hết bổn-phận người làm tôi.
Từ đó đất Nam-kỳ toàn cảnh thành ra đất thuộc-địa của Pháp, thuế-má, luật-lệ, điều gì cũng do súy-phủ ở Sài-gòn quyết-định cả.
- ▲ Lúc bấy giờ Hải-quân-bộ kiêm cả Thuộc-địa-bộ.