Quân nhà Mạc rút về rồi, vua phong cho Trịnh-Tùng làm Thái-úy, Trưởng-quốc-công 太 尉 長 國 公, và thăng-thưởng cho các tướng sĩ. Lại sai ông Phùng-khắc-Khoan đi chiêu tập những hoang dân ở Thanh-hóa về yên nghiệp làm ăn, và chỉnh-đốn việc chính-trị lại.
Bấy giờ công việc gì cũng do ở Trịnh-Tùng quyết đoán cả, uy quyền hống hách, vua cũng lấy làm lo. Lê-cập-Đệ 黎 及 第 thấy vậy, mưu với vua để trừ họ Trịnh, nhưng Trịnh-Tùng biết ý dùng mưu giết Cập-Đệ đi, vua Anh-tôn biết sự không thành, lo sợ lắm, bèn cùng với bốn hoàng-tử chạy vào Nghệ an.
Trịnh-Tùng thấy vua xuất ngoại rồi, bèn cho người đi rước hoàng-tử thứ năm là Duy-Đàm 維 潭 ở làng Quảng-thi, huyện Thụy-nguyên về lập nên làm vua, rồi sai ngươi Nguyễn-hữu-Liêu 阮 有 僚 đem binh đi đuổi theo vua Anh-tôn.
Anh-tôn vào đến đất Nghệ-an, thấy quân đuổi đến, vội-vàng ẩn vào trong vườn mía, nhưng bị Hữu-Liêu tìm thấy đưa về, đến huyện Lôi-dương thì Trịnh-Tùng sai người đến giết đi, rồi nói rằng vua tự thắt cổ chết.
Trịnh-Tùng giết vua Anh-tôn rồi thăng thưởng cho những người đồng đảng với mình, và chia quân phòng giữ các nơi để chống với quân nhà Mạc.
Từ năm quí-dậu (1573) cho đến năm quí-vị (1583) vừa 10 năm, Trịnh-Tùng cứ giữ vững đất Thanh-hóa, Nghệ-an, để cho quân nhà Mạc vào đánh phải hao binh tổn tướng. Trong bấy nhiêu năm tướng nhà Mạc là Mạc-kính-Điển 莫 敬 典, Nguyễn-Quyện 阮 倦, và Mạc ngọc-Liễn 莫 玉 璉, khi thì vào đánh Thanh-hóa, khi thì vào đánh cả mặt Thanh và mặt Nghệ, nhưng mà không bao giờ thành công: phen nào cũng chỉ được một vài trận rồi lại thua, phải rút quân về.
Từ năm ất-mão (1579) trở đi, Mạc-kính-Điển mất rồi, Mạc-đôn-Nhượng 莫 敦 讓 đem binh vào đánh họ Lê, nhưng cũng không được trận nào.
