lập đàn tế trời đất và các vua nhà Lê rồi đặt ba điều ước để cấm quân sĩ:
- Không được vào nhà dân mà lấy đồ ăn và lấy củi đuốc.
- Không được cướp lấy của-cải và chặt lấy cây-cối.
- Không được dâm hiếp đàn-bà con gái, và không được vị tư thù ma giết người.
Ai phạm ba điều ấy thì cứ theo quân pháp mà trị. Đoạn rồi, tiến quân lên đánh Thăng-long-thành.
Mạc-mậu-Hợp thấy quân nhà Lê lại tiến lên, bèn sai Mạc-ngọc-Liễn 莫 玉 璉, Bùi-văn-Khuê 裴 文 奎, Nguyễn-Quyện 阮 倦 và Trần-bách Niên 陳 百 年 ở lại giữ thành Thăng-long, rồi đem quân sang sông Nhị hà về đóng ở làng Thổ-khối 土 塊
Trịnh-Tùng sai tướng chia quân vây đánh các cửa thành. Quân nhà Mạc giữ không nổi, ba tầng lũy đều phải phá cả, bọn Mạc-ngọc-Liễn, Bùi-văn-Khuê phải bỏ thành mà chạy, Nguyễn-Quyện thì phải bắt.
Trịnh-Tùng lấy được thành Thăng-long rồi bắt quân phá những hào lũy đi, sau phẳng ra làm bình địa, rồi về Thanh-hóa đem tin thắng trận cho vua biết.
Sử không nói rõ tại làm sao Trịnh-Tùng đã lấy được Thăng-long mà không đánh rấn đi, lại bỏ về Thanh-hóa. Có lẽ là tại quân họ Trịnh tuy thắng trận, nhưng tướng sĩ đều mỏi mệt cả, vả lại thế họ Mạc hãy còn mạnh, ở lại sợ giữ không nổi, cho nên phải bỏ mà về.
Trịnh-Tùng đã bỏ Thăng-long về Thanh-hóa, nhưng Mạc-mậu-Hợp không biết nhân lấy dịp ấy mà sửa sang việc vũ-bị, chỉnh-đốn việc chính-trị, lại cứ say đắm tửu sắc, bạc đãi các tướng sĩ, đến nỗi công việc hỏng nát, thân mình bị hại.
Bấy giờ Bùi-văn-Khuê có người vợ tên là Nguyễn-thị 阮 氏 nhan sắc hơn người, Mạc mậu Hợp muốn giết Văn-Khuê đi để lấy Nguyễn-thị làm vợ.
Văn Khuê biết ý đem vợ vào ở huyện Gia-viễn (thuộc Ninh-bình). Mậu-Hợp cho quân vào bắt. Văn-Khuê phải xin về hàng với Trịnh Tùng.